La fabrication proprement dite se réalise en effectuant les étapes suivantes :

 Mise en cuve
 Ecrémage
 Maturation et Chauffage
 Ensemencement
 Fermentation et Caillage
 Décaillage
 Chauffage
 Soutirage et Moulage
 Pressage .

Mise en cuve, écrémage, maturation :

Dès son arrivée à la fruitière le lait est mis en cuve. Il subit ensuite un écrémage, l’emmental se fabriquant avec un lait partiellement écrémé, à 25-30 g. de matière grasse par litre, contrairement au Beaufort et au Comté qui se fabriquent avec un lait possédant encore toute sa crème. Une fois écrémé, le lait subit une lente transformation : la maturation. Ce temps de repos apparent sert en fait au développement de la flore bactériologique. Le mûrissement du lait est favorisé par le mélange des deux traites : traite du soir refroidie, traite du matin non refroidie.

C’est entre autres ce stade du mûrissement qui permet au lait de développer toutes ses qualités gustatives. C’est pendant ce temps que se construit le goût et le parfum propre à chaque lait, c’est ce qui fait toute la richesse et la variété des emmentals fabriqués au lait cru.

Chauffage, ensemencement, caillage :

Une fois la maturation suffisante, le fromager procède au chauffage. Le lait est porté à la température de 33°C par chauffage des cuves à la vapeur. Pour éviter l’évolution de bactéries parasites, le chauffage est effectué rapidement et le lait est brassé pendant toute cette phase de fabrication.

La température atteinte, l’ensemencement autrefois apporté par la macération de caillette, est aujourd’hui effectué de façon plus rigoureuse par adjonction de ferments lactiques sélectionnés. Cette façon de procéder évite les contaminations accidentelles par des germes indésirables. Après tout ce travail préparatoire, à une température d’environ 32-33°C, a lieu l’emprésurage.

L’adjonction de présure qui remplace l’ancien usage des caillettes de veau, va provoquer la fermentation et le caillage en masse du lait. Au bout d’environ une demi heure, le lait est coagulé en une masse uniforme : le caillé. C’est l’opération " magique ", qui a longtemps été, avec la fabrication des caillettes, le secret principal du fruitier.

Décaillage, chauffage :

L’opération suivante appelée décaillage, consiste à découper le caillé avec un instrument appelé tranche caillé, puis à laisser se développer les grains de caillé. Le sérum se sépare des grains. L’évolution des grains est suivie attentivement par le fruitier qui le palpe pour voir sa qualité. Un brassage est aussi effectué dès que le calibre du grain atteint la valeur recherchée. La qualité du grain de caillé s’apprécie suivant sa grosseur et a donné lieu aux appellations suivantes : caillé grain de froment, caillé grain de chanvre, caillé grain de maïs, caillé grain de café, caillé noisette. Le brassage est ensuite interrompu pour le " repos du grain " pendant une dizaine de minutes. Dès que le fruitier considère que la taille des grains de caillé est bonne, le brassage est repris puis le chauffage. La température du caillé est portée d’abord à 30-45°C, puis dans un deuxième temps la température est montée à 52-55°C. A la fin du chauffage, le grain est goûté pour permettre de juger de sa qualité. Le brassage est maintenu jusqu’au moment où une poignée de grains pressée dans la main se sépare naturellement d’elle même. Un deuxième repos du grain suit, appelé repos en chaudière.

Soutirage, moulage, pressage :

Vient alors le moment du soutirage. Anciennement effectué avec la " toile " et une baguette de coudrier, le soutirage est maintenant effectué mécaniquement. Le caillé est mis dans des moules appelés cercles posés sur un " foncet ". Un deuxième foncet recouvre la partie supérieure du fromage et celui ci est mis en presse et retourné jusqu’à six fois à intervalles réguliers. A chaque retournement, le pressage est augmenté. A la fin du pressage et de l’égouttage, le fromage est appelé " fromage en blanc " à cause de sa couleur. Il est maintenant prêt pour l’affinage.